Sandboxie sperrt Browser und Mailprogramm in eine sogenannte Sandbox und verhindert so, daß sich schädliche Programme ungewollt im System festsetzen können.
Im Gegensatz zu VMware Workstation und VirtualPC, die komplettes Betriebssystem in eine Sandbox packen, ermöglicht Sandboxie eine einzelne Anwendungen gezielt in einer Sandbox laufen zu lassen. Eine Sandbox ist ein vom Betriebssystem abgeschotteter Teil auf der Festplatte. So wird z.B. der in Sandboxie gestartete Internet Explorer alle empfangenen Dateien und auch Registryänderungen nach der Beendigung wieder löschen.